沿革設立の経緯と学会のあゆみ
目的
本会は日本自律神経学会（Japan Society of Autonomic Neuroscience）と称し、自律神経学に関する研究・教育の発展を促進し、会員相互ならびに関連機関との連絡を図り、社会に貢献することを目的とする。
設立までの経緯
自律神経に関するシンポジウムが1948年からウィーンで開催され、同時にActa Neurovegetativaがその機関誌として発刊された。1955年にこのシンポジウムは第6回を迎えたが、この年に国際自律神経研究会（International Society of Neurovegetative Research, ISNR）が発足し、このシンポジウムが第1回国際自律神経学会となった。欧州からの呼びかけにより国際自律神経研究会の日本支部が設立されることになり、1956年（昭和31年）に当時の東京大学冲中重雄教授を会長として国際自律神経学会日本支部が設立され、「国際自律神経研究会日本支部会」の名称で東京にて第1回総会（学術集会）が開催された。
設立後の経緯
以後昭和40年までは年2回、その後は年1回の学術集会が開催され、今日に至っている。その間、1964年（昭和39年）には機関誌として「自律神経」が発刊され、1966年（昭和41年）には日本自律神経研究会、1973年（昭和48年）には日本自律神経学会と名称を変更した。
1977年には第18回国際自律神経学会が冲中重雄会長のもと東京で開催され、さらに1990年には第20回国際自律神経学会が吉川政己会長のもと東京で開催された。
第22回国際自律神経学会（ISNR）は1995年11月米国においてP.A.Low会長のもとに開催され、その際同時にP.A.Low会長による第6回米国自律神経シンポジウム
（International Symposium of the Autonomic Nervous_Systemが開催された。
ところが次回の国際会議（ISNR）の組織は作られず、活動は停止するに至り、国際自律神経学会（ISNR）は第22回の大会をもって発展的に解消した。1997年イギリスのBurnstockらは、IUPS（国際生理学連合）を中心とし、これに臨床研究者を含めた大規模な国際自律神経科学会を、欧米を統合した大規模な国際自律神経科学学会（International Society for Autonomic Neuroscience；ISAN）として設立した。しかもその機関誌としては日本自律神経学会の準機関誌でもあるJ. Autonomic Nervous_System（JANS）が決定したという新しい流れが見られたため、日本自律神経学会は欧州を中心とした国際自律神経学会の日本支部として出発したいきさつがあるが、ISAN発足という新しい局面を迎え、今後はISANを中心に協力体制をとることになった。
また、1999年から機関誌“JANS”を“Autonomic Neuroscience: Basic & Clinical”に改称された。
日本自律神経学会のあゆみ
| 1948年 | 欧州中心にclosed meeting（Coronini会長）発足 “Acta Neurovegetativa”（Anderson、Coronini、Sturm編集）発刊 |
| 1955年 | International Society of Neurovegetative Research（ISNR） （Coronini会長、Sturm副会長）発足 |
| 1956年 | 国際自律神経研究会日本支部会（冲中重雄会長、木村忠司副会長）発足 |
| 1964年 | 学会機関誌「自律神経」発刊開始 |
| 1966年 | 日本自律神経研究会 と改称（第19回総会以降） |
| 1968年 | “Acta Neurovegetativa”は“J. Neurovisceral Relations”（Kappersら編集）と改称 |
| 1972年 | さらに“J. Neural Transmission”（Birkmayerら編集）と改称 |
| 1973年 | 日本自律神経学会 と改称（第26回総会以降） |
| 1975年 | 理事会発足（冲中重雄理事長就任） |
| 1975年 | “J. Autonomic Nervous System”（JANS） （McC Brooks、佐藤昭夫ら編集）発刊 |
| 1977年 | 第18回ISNR主催（東京：冲中重雄会長） |
| 1982年 | 宇尾野公義第2代理事長就任 |
| 1987年 | 日本医学会分科会として承認される 日本学術会議研究連絡委員会に参加 |
| 1990年 | 第20回ISNR主催（東京：吉川政己会長） American Autonomic Society（米国：Low会長）発足 |
| 1991年 | “Clinical Autonomic Research”（Mathiasら編集）発刊 |
| 1992年 | 「自律神経機能検査（第1版）」出版 |
| 1995年 | 「自律神経機能検査（第2版）」出版 |
| 1997年 | International Society for Autonomic Neuroscience（ISAN）（英国：Burnstock会長）発足 |
| 1998年 | 平井俊策第3代理事長就任 |
| 2000年 | 「自律神経機能検査（第3版）」出版 “JANS”より“Autonomic Neuroscience: Basic & Clinical（ANBC）”と改称（7月） |
| 2001年 | 「自律神経学用語集」出版 |
| 2004年 | 「日本自律神経学会賞（優秀論文賞）」開始 |
| 2005年 | 岩田誠第4代理事長就任 |
| 2007年 | 第5回ISAN主催（京都：岩田誠会長） |
| 2013年 | 黒岩義之第5代理事長就任 |
| 2017年 | 第10回ISAN主催（愛知：黒澤美枝子会長） 荒木信夫第6代理事長就任 |
| 2022年 | 黒澤美枝子第7代理事長就任 |
| 2025年 | 学会英文名称を“Japan Society of Autonomic Neuroscience”と改称（第78回総会以降） 山元敏正第8代理事長就任 |